这些困难包括：承接产业转移给巢湖水环境保护带来巨大压力，滨湖城市建设对水环境保护提出了更高要求，巢湖流域农业源污染防治形势严峻等，巢湖治理长期性与水环境改善迫切性矛盾日益突出。

　　比如，巢湖流域作为皖江城市带承接产业转移示范区的重要组成部分，将承接机械设备制造、汽车、化工、钢铁、建材等产业，初步预测到2015年巢湖流域工业废水和主要污染物产生量将增加30%以上，水环境风险防范压力进一步增大。

　　此外，巢湖流域耕地面积约48万公顷，在耕作过程中每年流失的化肥施用量约为30万吨，种植业总氮、总磷流失量分别为10352吨和601吨;畜禽养殖等农业面源污染也较严重，缺乏有效治理措施，加剧了巢湖富营养化。

　　在2012年完成区域调整之后，巢湖成为合肥市的“内湖”。为有效控污，合肥市在先期启动巢湖流域水环境综合治理项目之后，又实施环巢湖生态保护与修复一、二期工程，此项工程预计投资300亿元。

　　不过，环巢湖生态修复项目进展依然不理想。合肥市发改委的数据表明，至2013年9月末，一期工程仅完成实际需要投资的46.6%、部分项目仅完成14%至18%不等。而按照工作进度，一期工程目前需要完成投资80%。

　　筹资之难：地方政府重压

　　“安徽经济欠发达，地方治污配套资金筹措困难，治污投入相对不足。”

　　项目进展“拖后腿”的原因主要有征地拆迁进展缓慢、项目用地报批“排队”时间较长及地方政府配套资金筹集困难等。

　　据了解，巢湖生态保护及修复工程一二期工程项目包括河道治理、污水处理厂建设等。其中一期项目16个、总投资129.02亿元，二期项目98个，总投资136亿元。

　　据负责工程款项拨付事项的巢湖城市建设投资有限公司相关负责人介绍，上述项目款项来源主要为国家开发银行的贷款，其中一期贷款100亿元，二期贷款102亿元。合肥市人大常委会审议通过的方案显示，前述项目不足部分的资金安排纳入当年市级预算。

　　除银行贷款和预算资金(原则上按上年度地方财政收入的决算数的1%安排)外，项目建设的资金来源还包括水利建设基金的50%、经营性土地出让金收入的5%、水利部专项资金、向上争取手补助资金和国债资金、巢湖生态专项资金专户的利息收入等。

　　当上述途径筹集的款项仍不能满足时，余额则由市本级财务安排。不过，由于环巢湖生态治理项目资金在持续增加，项目推进已经遇到资金困境。

　　一个需要引起警惕的问题是，环巢湖生态示范区建设工程总投资额“节节攀升”，已令地方政府不堪重负。比如，安徽最早提出的口径是环巢湖生态修复一二期项目总计投资300亿元，到2012年时一期工程投资预算已超过500亿元。

　　而最新的数据是，包括征集的三期“引江济巢”工程的136个、总投资380.21亿元在内，环巢湖生态保护及修复工程总投资额高达1421.19亿元——这还不是最终决算数据。

　　合肥计划在完成高达1500亿元的投入后，2018年左右巢湖水质达到Ⅳ类或Ⅲ类标准，并恢复生态功能。不过，在现实资金投入压力下，这一计划将被推后。

　　合肥市发改委的数据显示，环巢湖生态保护与修复一期工程推进缓慢。比如裕溪河综合治理工程，仅完成投资的14%。截至10月12日，二期工程目前尚处于项目评审阶段，98个项目中仅通过41项，通过率仅为41.8%。

　　项目进展缓慢的原因包括项目实施难度超出想象、资金缺口较大、地方政府配套资金困难等。

　　在杭埠河庐江段实施底泥清淤工程的一施工负责人对记者说，河底的污泥很难抽吸起来，各类水草也阻碍了工程进度。此外，由于堤外的龙塘等不能按时征收，也无法吹填淤泥。

　　不过，与地方政府的资金压力相比，项目施工过程遇到的困难可以忽略不计。

　　以撤市改县后的新巢湖市(原居巢区)为例，2012年全市累计完成财政总收入24.2亿元，地方收入完成14.9亿元，财政府总收入排名在合肥市五县中仅高于庐江县。

　　而2012年巢湖市财政支出30.12亿元，为预算的139.15%。其中与巢湖治理相关的支出大幅增长，节能环保支出0.93亿元，为预算的848.45%;交通运输支出1.22亿元，为预算的685.68%。

　　在入不敷出的财政困境下，巢湖市还要设法为巢湖治理提供配套资金。比如一期项中第一项裕溪河综合治理、第二项落枕圩防洪除涝综合治理项目的责任主体均为巢湖市，两个项目投资4.49亿元，累计完成投资1.83亿元，完成进度仅为计划的40.75%。

　　设在巢湖市的巢湖管理局有关官员坦承，地方配套资金难以及时到位确实是影响工程实施进展的一个重要原因。

　　比如，2010年开始实施的巢湖流域水环境综合治理项目中，由巢湖管理局管理的15个项目总投资26亿元，除亚洲开发银行提供的2.5亿美元贷款外，近一半的资金需要通过地方政府配套等途径解决，压力较大。

　　“安徽经济欠发达，地方治污配套资金筹措困难，治污投入相对不足。”安徽省社会科学院副研究员张谋贵建议，“资金不足”是制约巢湖污染治理的一个重要因素，这需要建立较完善的投融资体系。