从字面上看，由于国家在进行地区配额总量分配的过程中已经适当考虑了地区差异，因而在免费配额的分配标准设置上不再考虑地方偏向性，而是按照统一的行业标准确定。由于配额分配标准由国家确定，地方层面只能遵照执行，或者从严执行，可见地方对配额分配没有自主权。这样设置无疑是旨在兼顾地区差异和市场公平：在配额总量分配时考虑地区差异，而在免费分配时严守统一标准从而保障市场公平性。但值得注意的是，理论上这样的分配方式并不一定能够保证不同地区的企业在交易过程中的公平性。

　　按照规定，地方配额总量扣除免费分配后的部分，可由地方政府通过拍卖或固定价格出售的方式进行有偿分配，有偿分配的方式和标准由地方确定。因此配额总量分配的地区偏向性便会导致各地区配额有偿分配成本的差异。

　　此外，由于地方在免费配额分配过程中，可以执行比国家标准更严的标准，其结果是降低免费配额分配比例，提高有偿分配比例。因此可能出现各地区在免费分配部分“从严”，而在免费分配部分“竞次”，即压低有偿分配的价格，间接地提升本地企业在碳市场的竞争优势。

　　实证研究表明，在碳市场上，如果采取偏向性的配额总量分配方式，则会导致中西部地区不当的竞争优势，长期会使高耗能产业向中西部集聚，形成“污染天堂”效应，反而不利于地区协调发展。因此有必要对有偿分配的方式和标准进行限制，统一采取拍卖进行有偿分配，同时，要求各地配额拍卖向外地企业开放的方式，能够统一不同地区企业获得配额的实际成本。此时配额总量分配的地区偏向性仅仅会影响到各地方政府拍卖收入，而不会对市场公平性造成影响。地方政府的拍卖收入可以用于支持低碳技术、产业的发展，或用于低碳基础设施投资，从而兼顾地区差异。

　　配额的跨期使用

　　从国际碳市场和国内试点经验可以发现，不论是采取免费分配还是拍卖分配的方式，配额过剩是碳市场交易初期最容易发生的问题，也是影响碳市场价格平稳性的最大隐患。允许碳配额的跨期储存是平滑各期配额价格的有效手段。此外，允许配额储存对于企业跨期进行碳资产管理、降低减排成本具有重要的作用，因此，各试点均允许控排主体跨期储存配额。《暂行办法》明确全国碳市场配额可以存储，但具体规则有待明确。目前各试点地区均规定前一年的配额可以全额结转至下一年继续使用，其中，只有湖北附带规定结转的配额必须是通过市场交易购入的，换句话说企业如果需要将免费分配得到的配额结转之下一期，就需要先卖出再买入。这一规定增加了表面上的交易活跃度，但是对于优化价格发现能力并没有显示出很大的作用，因此预计全国碳市场并不会采纳。

　　此外，在全国碳市场启动后，试点市场交易主体的剩余配额是否能在全国市场继续使用，是各试点地区政府主管部门、交易机构、控排企业以及投资者非常关心的话题。如果不对原有配额进行结转，则可能对过渡期试点市场的平稳运行造成巨大的冲击，就如2008年EU-ETS第一阶段末由于配额无法结转至下一期使用，导致碳排放配额市场价格跌至零，在欧盟政策制定者、国际社会，以及相关研究人员中激起了巨大的争议。然而与EU-ETS在2008年的情况不同，我国目前有7各试点市场并存，市场之间价格差异较大（按2016年6月27日收盘价，最高的北京市场碳配额价格为54.77元/吨；最低的广东则为9.32元/吨，而一个月前上海市场还曾出现过4.21元/吨的超低价格），此外不同试点市场的覆盖范围、配额分配方式，以及排放核算标准不同，导致市场之间交易标的并不完全等价。即便是同一市场上的不同企业，也可能有的企业持有的配额是免费分配得到，而有的企业是通过市场交易获得的，因而持有成本也不相同。可见全额等比例结转无法满足公平性的标准。